В целях борьбы с недисциплинированностью на транспорте и обеспечения четкости в его работе приказом Народного Комиссара Юстиции СССР от 22 декабря 1941 года № 40 Линейный суд Оренбургской железной дороги был реорганизован в Военный трибунал Оренбургской железной дороги, действующий на основании Положения о военных трибуналах от 22 июня 1941 года.

Все рабочие и служащие транспорта были объявлены на время войны мобилизованными и по законам военного времени подлежали ответственности за преступления по службе наравне с военнослужащими.

В настоящее время в Оренбургском областном архиве сохранилась часть судебных производств, наглядно отражающих деятельность Трибунала в военные годы. Так, 24 января 1942 года Военным Трибуналом Оренбургской Железной дороги в составе председательствующего члена трибунала, военного юриста 3 ранга тов. Ивановой, а также членов трибунала – тов. Старостина и тов. Максимова при секретаре тов. Шевченко было рассмотрено уголовное дело в отношении кладовщика буфета ст. Оренбург Барсукова И.Д. и столяра буфета Плотникова А.П.

Согласно материалам дела подсудимые занялись хищением продуктов питания, предназначенного для эшелона с эвакуированными, а именно: 12 кг. пшена-сечки и 60 кг. вермишели (2 мешка). Также при обыске в квартире Барсукова И.Д. было обнаружено: 50 кг. муки, 55 кг. пшена, 99 кг. пшена-сечки, 24 кг. манной крупы, 9 литров водки, вермишель, мясо, колбаса, сыр, масло и другие продукты на общую сумму по государственным ценам в 1080 руб. (следует отметить, что в военные годы машинистка в учреждении получала 200-250 руб., уборщица - 160 руб. – прим. авт.). В квартире Плотникова А.П.: 32 кг. вермишели, 28 кг. муки, 15 кг. манной крупы и других продуктов по государственным ценам на 302 руб.

Приговором суда Барсукова И.Д. и Плотников А.П. были признаны виновными в инкриминируемом им преступлении по закону от 7 августа 1932 года и осуждены к лишению свободы в исправительных трудовых лагерях на 10 лет с конфискацией личного, принадлежащего им имущества. Приговор был постановлен окончательно и обжалованию не подлежал.

Однако право на обжалование приговора Военного Трибунала Оренбургской Железной дороги в Военную Коллегию Верховного Суда Союза ССР стало спасительным для машиниста поезда Ивана Белякова и главного кондуктора Филиппа Орлова, признанных виновными в совершении преступления, предусмотренного п. «в» ч. 2  ст. 59 УК РСФСР  и приговоренных к высшей мере наказания – расстрелу.

Согласно материалам дела весной 1942 года осужденные уснули в ходе управления тяжеловесным поездом. Проехав станцию, они выехали на занятый полигон. Крушение поезда было предотвращено благодаря машинисту встречного состава. Военная Коллегия Верховного Суда Союза ССР, приняв во внимание, что от преступного нарушения трудовой дисциплины осужденными тяжелых последствий не наступило, переквалифицировала их действия на менее тяжкие и назначила обоим наказание в виде 10 лет лишения свободы без поражения в правах.

Свою деятельность Военный трибунал Оренбургской железной дороги осуществлял вплоть до 5 мая 1948 года, после чего был преобразован в Линейный суд Оренбургской железной дороги. Также следует отметить, что в годы Великой Отечественной войны на территории Чкаловской области функционировали две следственных тюрьмы, где отбывали наказание осужденные как военными трибуналами, так и народными судьями – № 1 в г. Чкалове и № 2 в г. Соль-Илецке, с общим количеством заключенных на 1 декабря 1941 г. – 4 140 человек. До начала войны Соль-Илецкая тюрьма находилась на особом положении и была подчинена Главному управлению государственной безопасности. Для осужденных, содержащихся в тюрьмах ГУГБ НКВД, устанавливался особый режим исполнения наказания, а также особый порядок их внутренней и внешней охраны.